Η Μακρόνησος, γνωστή ως πεδίο δραματικών στιγμών της σύγχρονης ελληνικής ιστορίας, προστατεύεται από την ελληνική πολιτεία ήδη από το 1989, όταν κηρύχθηκε εξ ολοκλήρου ως ιστορικός τόπος, ενώ τα κατάλοιπα των στρατοπέδων του νησιού κηρύχθηκαν αυτομάτως ως διατηρητέα κτήρια (ΦΕΚ 436/Β/1989). Επιπροσθέτως, για την προστασία των καταλοίπων της σύγχρονης ιστορίας θεσμοθετήθηκαν από το 1995 ειδικές χρήσεις γης (ΦΕΚ 895/Δ/1995).
Η μέριμνα, ωστόσο, του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού δεν σταμάτησε εκεί. Μετά από εκτεταμένες έρευνες της Εφορείας Εναλίων Αρχαιοτήτων οριοθετήθηκαν και κηρύχθηκαν το 2015 στην περιοχή της Μακρονήσου πέντε αρχαία ναυάγια που χρονολογούνται από τη μέση ελληνιστική έως και τις αρχές της υστερορρωμαϊκής περιόδου(ΦΕΚ 269/Β/2015).
Τα πρώτα ανθρωπογενή κατάλοιπα στη Μακρόνησο ανάγονται στα τέλη της 4ης χιλιετίας π.Χ. ενώ ο πρώτος εντοπισμένος οικισμός του νησιού ιδρύθηκε στη θέση Προβάτσα, στα δυτικά του νησιού, κατά την Πρώιμη Εποχή του Χαλκού. Ιδιαίτερη σημασία έχει η μεταλλουργική δραστηριότητα που αναπτύχθηκε εκεί, παράλληλα με την αντίστοιχη δραστηριότητα στον Θορικό της Αττικής, όπως καταδεικνύουν τα λείψανα κυπέλλωσης μολυβδούχου αργύρου που έχουν εντοπιστεί.
Κατά τους αρχαϊκούς χρόνους ιδρύθηκε λίγο βορειότερα, στην περιοχή όπου βρίσκεται ο σημερινός Ι.Ν. του Αγίου Γεωργίου, ο κύριος οικισμός του νησιού η χρήση του οποίου μαρτυρείται, με τα δεδομένα της έρευνας πεδίου, έως τον 6ο/7ο αι. μ.Χ. ενώ έχει εντοπιστεί και το νεκροταφείο της κλασικής περιόδου. Αξίζει να αναφερθεί η μεγάλη διασπορά αρχαιολογικών θέσεων των ιστορικών χρόνων σε όλη την έκταση του νησιού, τόσο στα παράλια όσο και στην ενδοχώρα, κάτι που πρέπει να συνδεθεί αφενός με τη μεταλλοφορία του νησιού και αφετέρου με την κρίσιμη γεωγραφική του θέση στο Αιγαίο.
Η κήρυξη ολόκληρου του νησιού ως αρχαιολογικού χώρου ολοκληρώνει το πλέγμα της διαχρονικής προστασίας των ανθρωπογενών της Μακρονήσου από όλες τις συναρμόδιες υπηρεσίες του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού.
