Κρίθηκε ένοχος για το αδίκημα της ανθρωποκτονίας εξ αμελείας 13 ανθρώπων, στην έκρηξη στο Μαρί της Κύπρου, το 2011.
Ο Πέτρος Τσαλικίδης υποστήριξε ότι δεν φέρει ευθύνη για την τραγωδία στην Κύπρο, λέγοντας πως παραιτήθηκε από τη θέση του αμέσως μετά το συμβάν, ως ένδειξη ελάχιστου φόρου τιμής στους στρατιώτες που έχασαν τη ζωή τους.
Η έκρηξη στη Ναυτική Βάση «Ευάγγελος Φλωράκης», στο Μαρί, σημειώθηκε τα ξημερώματα της 11ης Ιουλίου 2011. Προκλήθηκε από φωτιά που ξέσπασε σε ανοικτό χώρο όπου υπήρχαν 98 εμπορευματοκιβώτια με όπλα και πυρίτιδα, τοποθετημένα εκεί από το 2009 που κατασχέθηκαν από ρωσικό πλοίο, χωρίς καμία προστασία από ακραία καιρικά φαινόμενα ή πιθανές πράξεις δολιοφθοράς.
Το αναθεωρητικό στρατοδικείο (Εφετείο) που θα δικάσει σε δεύτερο βαθμό τον κ. Τσαλικίδη, θα έχει προεδρεύοντα τον αντιπρόεδρο του Αρείου Πάγου. Η δίκη, σε αντίθεση με ό,τι συμβαίνει στα πολιτικά δικαστήρια, δεν θα καθυστερήσει.
Οι διωκτικές Αρχές στην Κύπρο συμπεριέλαβαν το όνομά του στο κατηγορητήριο και ζήτησαν την έκδοσή του από την Ελλάδα. Τελικά αποφασίστηκε να διεξαχθεί η δίκη του σε ελληνικό δικαστήριο. Ο πρώην Αρχηγός ανέλαβε καθήκοντα τον Μάιο του 2009.
