Πάνω από μισό αιώνα αγνοείτο το μότορσιπ «Τρεις Ιεράρχαι» που βυθίστηκε αύτανδρο στις 14 Φεβρουαρίου του 1959. Ταυτοποιήθηκε 63 χρόνια μετά σε βάθος 87,2 μέτρων, βορειοδυτικά της Μακρονήσου, από την ερευνητική ομάδα του Κώστα Θωκταρίδη. Όπως ανέφερε ο ίδιος στο ΑΠΕ – ΜΠΕ, η διερεύνηση και ταυτοποίηση του ναυαγίου έγινε με υποβρύχιο ρομποτικό όχημα ROV, Super Achille.
Το μότορσιπ είχε αποπλεύσει από τον Πειραιά την προηγούμενη της βύθισής του στις 5:10 το απόγευμα. μεταφέροντας 378 τόνους καλαμπόκι-αραβόσιτο. Επρόκειτο να ξεφορτώσει αρχικά 278 τόνους καλαμπόκι- αραβόσιτο στο λιμάνι της Θεσσαλονίκης και στη συνέχεια θα μετέφερε το υπόλοιπο φορτίο στο Πόρτο Λάγος Ξάνθης. Αφού φόρτωσε στα αμπάρια του το καλαμπόκι, τοποθετηθήκαν επί του καταστρώματος τρία στρατιωτικά φορτηγά 6Χ6 τύπου GMC (General Motors Corporation Truck) συνολικού βάρους 14,4 τόνων ως μεταφορά για λογαριασμό του Ελληνικού Στρατού.
Την ημέρα του απόπλου όμως επικρατούσαν δυσμενείς καιρικές συνθήκες με ανέμους που πλησίαζαν τα 8 μποφόρ. Το πλοίο δεν έφθασε ποτέ στον προορισμό του. Βυθίστηκε αύτανδρο στις 14 Φεβρουαρίου 1959, μαζί με το 9μελές πλήρωμα ναυτικών. Παρόλο που το πλοίο διέθετε ασύρματο δεν πρόλαβε να εκπέμψει SOS.
Την επόμενη του απόπλου εντοπίστηκε παρασυρόμενη λέμβος ανοιχτά από την περιοχή Πούντα Ζέζα καθώς και ένα ξύλινο κάλυμμα του αμπαριού, που ρυμουλκήθηκαν στο Λαύριο. Αναγνωρίστηκαν ότι ανήκαν στο ΤΡΕΙΣ ΙΕΡΑΡΧΑΙ. Επίσης εντοπίστηκε ανάκλιντρο καθίσματος στην βραχονησίδα Άγιος Γεώργιος που αναγνωρίστηκε ότι άνηκε στα φορτηγά που μετέφερε το πλοίο. Αυτά ήταν και τα μοναδικά ευρήματα που μαρτυρούσαν τι είχε συμβεί.
Όπως διαπιστώθηκε κατά την ταυτοποίησή του, το τιμόνι – πηδάλιο του μότορσιπ είναι στριμμένο στην θέση όλο αριστερά, ενώ τα τρία στρατιωτικά φορτηγά βρέθηκαν εκτός ναυαγίου, διασκορπισμένα στο βυθό κοντά στο ναυάγιο. Το μότορσιπ ήταν το πρώην Πηνειός του Πολεμικού Ναυτικού με το μήκος του να φτάνει τα 43 μέτρα και το πλάτος του τα 7,6.
